MyEclipseのプロジェクトとJ2EEアプリケーションの関係が一致しなくなると，MyEclipseで，J2EEアプリケーションのデプロイ，アンデプロイ，および入れ替えができなくなります。MyEclipseのプロジェクトのデプロイ，アンデプロイ，および入れ替えができなくなった場合は，次の手順で対象となるJ2EEアプリケーションをアンデプロイしてください。

1. サーバ管理コマンド（cjstopapp）でJ2EEアプリケーションを停止します。
2. サーバ管理コマンド（cjdeleteapp）でJ2EEアプリケーションを削除します。
3. デプロイ作業ディレクトリのディレクトリまたはEARファイルを削除します。
   エンタープライズアプリケーションプロジェクトのディレクトリまたはEARファイルをデプロイ作業ディレクトリから削除します。
   なお，デプロイ作業ディレクトリは，「2.5.2　デプロイ作業ディレクトリの設定変更」で設定したディレクトリになります。
   
4. MyEclipseの［サーバー］ビューから対象となるエンタープライズアプリケーションプロジェクトをアンデプロイします。

なお，サーバ管理コマンドについては，マニュアル「Cosminexus　リファレンス　コマンド編」を参照してください。