開発環境での各種定義やアプリケーションの作成，および運用環境での実行環境のセットアップが完了したら，運用を開始します。

システムの運用では，日常の運用およびシステムの保守・見直しを繰り返します。

日常運用では，日常的な実行環境の起動／停止のほか，システムを安定稼働させるために各種プロセスの監視やログの収集などを行います。

システムの保守と見直しでは，各環境の構成の変更，各種定義およびアプリケーションを追加・変更，発生したトラブルの対処などを実施します。

なお，JP1と連携してCosminexus サービスプラットフォームをより効率良く運用することもできます。