次の原因が考えられます。
はい,削除されます。インストール時に作成したデータベースを含め,インストール時に作成されたファイルがアンインストール時に削除されます。しかし,インストール後に作成されたファイルやフォルダについては,削除対象となりません。すべてのファイルを削除したい場合は,アンインストールしたあと,インストールしたフォルダ以下を手動で削除してください。
Bibliotheca21 Personal ユティリティで,検索インデックスの格納先を変更してください。検索インデックスの格納先は十分な空き容量のあるドライブを指定することをお勧めします。